La seconda serie, come la prima è suddivisa in gruppi.
In questo caso ci troviamo di fronte a una collezione di 48 pezzi e, nonostante non siano mai stati trovati Exogini seconda serie attaccati al canale di colata, possiamo verosimilmente supporre che gli stampi fossero da 8 pezzi ciascuno.
I gruppi della seconda serie seguono la numerazione dei N.I.N.J.A. MITES, gli originali made in USA, vedi sez. NINJA Mites (USA/ENG).
Dietro la scatola da 30 pezzi dei N.I.N.J.A. Mites troviamo un'immagine riassuntiva con tutti i personaggi della serie, ognuno con il proprio numero. Infatti se si osservano attentamente gli Exogini seconda serie, noteremo che ognuno ha stampato da qualche parte sul corpo il proprio numero identificativo, solitamente sul retro.

Qui sotto l'immagine del retro della scatola dei Ninja Mites

I 6 gruppi seconda serie sono i seguenti:

Anche per la seconda serie, dentro le piramidi e i barattoli si trovavano i sacchetti contenenti Exogini suddivisi in gruppi.
I sacchetti però, nonostante i gruppi fossero da 8, erano comunque riempiti con 10 pezzi e i 2 eccedenti erano casuali, a volte addirittura della prima serie ma comunque dello stesso colore degli Exogini contenuti nel sacchetto.
Da segnalare che l'ultimo gruppo (quello dei rari per intenderci) non è mai stato trovato all'interno di una piramide o di un barattolo.

Allo stato dei fatti attuale non è provata l'esistenza di tutti i pezzi in tutti i colori.

Sono stati infatti rinvenuti solo pochissimi o addirittura singoli esemplari che a logica proverebbero l'esistenza di alcuni gruppi in determinati colori ma essendo ritrovamenti più unici che rari si è deciso di classificarli come "Anomalie".

Considerato il mercato italiano e quello greco, ogni gruppo esiste nei seguenti colori.

Ad oggi del gruppo A colore babol e del gruppo C ed F colore viola non se ne ha traccia, quindi si può supporre che non esistano.